Računalna metoda za predviđanje mjesta proteinskih interakcija : doktorska disertacija - Šikić, Mile (M. Šikić ; Fakultet elektrotehnike i računarstva, 2008)
Predmet je disertacije predviðanje mjesta proteinske interakcije na osnovi informacija iz slijeda i strukture proteina koji sudjeluju u interakciji. U radu se mjesto interakcije definira kao pomièni prozor od 9 ostataka, u kome je barem središnji ostatak mjesto dodira. Ostatak se definira da je u dodiru ako se njegov najbliži atom nalazi na manje od 6 A od najbližeg atoma ostatka koji pripada susjednom lancu. Na osnovi postojeæeg skupa za uèenje klasifikacija i provjera rezultata provedena je koristeæi metodu sluèajnih šuma i OR metode. OR metode, razvijene u ovom radu se temelje na kombiniranju klasifikatora i poboljšanju F-mjere pri radu s neuravnoteženim podacima. Za predviðanje mjesta interakcije iz prostorne strukture proteina uz slijed upotrijebljena su i ova svojstva: nepolarna ASA, maksimalna ukopanost, srednja ukopanost, minimalna izboèenost i hidrofobnost. Rezultati dobiveni u ovome radu za predviðanje na osnovi samo slijeda su bolji od dosadašnjih, a rezultati na osnovi podataka iz slijeda i prostorne strukture u rangu su rezultata najboljih metoda u ovom podruèju. Kroz analizu na 9 UCI skupova podataka primjena OR metode pokazala je poboljšanje rezultata. Na kraju rada, primjenom metode predviðanja na osnovi slijeda i prostorne strukture, predviðena su mjesta interakcije na Ras i C-Raf proteinima te je metodama prianjanja i molekularne dinamike dobivena struktura Ras-Raf kompleksa. Kljuène rijeèi: proteinska meðudjelovanja, slijed aminokiselinskih ostataka, prostorna struktura, metoda sluèajnih šuma, klasifikacija, F-mjera, neuravnoteženi podaci, prianjanje