Algoritmi za utvrđivanje fleksibilnosti proteina na temelju konformacije i fizikalnih svojstava proteina : doktorska disertacija - Šikić, Krešimir (K. Šikić ; Fakultet elektrotehnike i računarstva, 2008)
Tema ovog rada je proučavanje fleksibilnosti proteina. U cilju proučavanja fleksibilnosti proteina u radu su predložene dvije nove metode za utvrđivanje fleksibilnosti. Metode su apriori i aposteriori. Prva metoda identificira fleksibilne i rigidne domene u proteinu na temelju karakteristika jednog prostornog oblika korištenjem kompleksnih modela i aproksimacija. Druga metoda se temelji na usporedbi dvaju prostornih oblika istog proteina. Prva metoda je točnija iz razloga što uzima u razmatranje dva prostorna oblika, ali nije uvijek upotrebljiva. Druga metoda se može uvijek primijeniti jer zahtijeva samo jedan prostorni oblik. Usporedbom rezultata dobivenih korištenjem ovih metoda dokazano je da je apriori dovoljno točna kako bi se mogla koristiti u budućim istraživanjima. Temeljem apostreriori metode napravljen je testni skup koji je moguće koristiti za testiranje novih metoda za određivanje fleksibilnosti. Kako obradba informacija u ovom radu ovisi o PDB zapisima napravljena je i sveobuhvatna usporedba PDB zapisa dobivenih različitim tehnikama. Na ovaj način su utvrđene razlike u zapisima koje mogu utjecati na istraživanja. Ključne riječi: fleksibilnost, protein, obradba informacija, kompleksni sustav, poravnavanje, analiza normalnog moda , apriori metoda, aposteriori metoda, protein data bank (PDB), razredovanje.