Otkrivanje preklapajućih DNA očitanja : diplomski rad - Osrečki, Matija (M. Osrečki, 2014)
U vrijeme brzog razvoja tehnologija sekvenciranja DNA, sve je ve´ca potreba za sastavljanjem istih. Ovaj rad se bavi implementacijom modernih metoda za otkrivanje preklapanja DNA oˇcitanja kao dio OLC (engl. overlap – layout – consensus) pristupa problemu. Primjenom FM-indeksa baziranog na vali´cnim stablima i uporabom sufiksnog filtra za traženje kandidata preklapanja, napravljena je uspješna C++ implementacija. Iako originalno namjenjen za testiranje na PacBio oˇcitanjima, rezultati su pokazali da je metoda prikladnija s manjom pogreškom. Kljuˇcne rijeˇci: De novo sastavljanje genoma, FM-indeks, sufiks filtar.