Određivanje patogenih vrsta iz RNA sekvenciranih podataka

Sažetak na hrvatskom: Metagenomika je zanimljivo novo znanstveno područje čiji je zadatak karakterizacija mikroskopskih zajednica živih organizama. Posebna važnost je u tome što većina mikroorganizama ne može biti uzgojena u laboratoriju, stoga nam metagenomika otkriva mnoge nepoznate vrste. Ovaj ra...

Full description

Permalink: http://skupni.nsk.hr/Record/fer.KOHA-OAI-FER:45613/Details
Glavni autor: Šošić, Matija (-)
Ostali autori: Šikić, Mile (Thesis advisor)
Vrsta građe: Drugo
Impresum: Zagreb, M. Šošić, 2014.
Predmet:
LEADER 02364na a2200241 4500
003 HR-ZaFER
005 20160516012023.0
008 160221s2014 ci ||||| m||| 00| 0 en d
035 |a (HR-ZaFER)ferid1697 
040 |a HR-ZaFER  |b hrv  |c HR-ZaFER  |e ppiak 
100 1 |a Šošić, Matija  |9 35360 
245 |a Određivanje patogenih vrsta iz RNA sekvenciranih podataka :  |b diplomski rad /  |c Matija Šošić ; [mentor Mile Šikić]. 
246 1 |a Određivanje patogenih vrsta iz RNA sekvenciranih podataka  |i Naslov nahrvatskom:  
260 |a Zagreb,  |b M. Šošić,  |c 2014. 
300 |a 37 str. ;  |c 30 cm +  |e CD-ROM 
502 |b diplomski studij  |c Fakultet elektrotehnike i računarstva u Zagrebu  |g smjer: Računarska znanost, šifra smjera: 56, datum predaje: 2014-06-30, datum završetka: 2014-07-07 
520 3 |a Sažetak na hrvatskom: Metagenomika je zanimljivo novo znanstveno područje čiji je zadatak karakterizacija mikroskopskih zajednica živih organizama. Posebna važnost je u tome što većina mikroorganizama ne može biti uzgojena u laboratoriju, stoga nam metagenomika otkriva mnoge nepoznate vrste. Ovaj rad predstavlja taksonomski ovisnu i na poravnanju sekvenci na referentni genom temeljenu metodu za određivanje vrsta prisutnih u danom metagenomskom uzorku. Pristup se temelji na identifikaciji i analizi ribosomskih kodirajućih sekvenci za koje se smatra da su indikatori prisutnih vrsta. Rješenje radi s RNA sekvenciranim podacima i testirano je na stvarnom uzorku iz prirodnog okruženja. 
520 3 |a Sažetak na engleskom: Metagenomics is an interesting new field of science focused on characterization of microbial communities from environmental samples. It is especially important as many organisms cannot be cultivated in a laboratory and therefore can reveal previously unknown species. This thesis presents a taxonomy-dependent and alignment-based method for determining species present in a given metagenomic sample. Main premise is identification and analysis of ribosomal coding sequences which are considered to be indicators of presence of organisms. The solution works with RNA-seq data and is tested on a real dataset from an environmental sample. 
653 1 |a metagenomika  |a bioinformatika  |a RNA sekvenciranje 
653 1 |a metagenomics  |a bioinformatics  |a RNA-Seq 
700 1 |a Šikić, Mile  |4 ths  |9 29535 
942 |c Y  |2 udc 
999 |c 45613  |d 45613