Memory-Efficient Storage of Multiple Genomes of the Same Species : završni rad - Kodžoman, Vinko (V. Kodžoman, 2015)
Sažetak na hrvatskom: U ovom radu dajem svoje rješenje za memorijski i vremenski učinkovitu implementaciju prikaza kolekcije genoma kao i njihovog indeksiranja. Napravio sam indeks referentnog genoma baziran na BWBBLE, indeksu koji koristi Burrows-Whelerovou transformaciju. Kako bih povećao njegovu fleksibilnost, dodao sam promjenjive kodne tablice kao i ulazno/izlazni modul koji omogućuje stvaranje referentnog genoma iz populacije genoma. Indeks je napisan u programskom jeziku C++ i uspoređen sa BWA, programskim paketom za mapiranje sekvenci na referentne genome velike duljine. Indeks referentnog genoma nije konkurentan BWA-u u vremenu izvođenja, ali njegova veća fleksiblinost omogućuje korisniku stvaranje referentnog genoma i unos vlastitih kodnih tablica.