Pretraživanje baza proteina pomoću djelomično uređenog poravnanja : diplomski rad - Žuljević, Petar (P. Žuljević, 2018)
Sažetak na hrvatskom: Pretraživanje proteinskih baza jedan je od temeljnih problema u bioinformatici za koji su razvijene različite egzaktne i heuristične metode. Iako je vrijeme izvođenja heurističnih alata nekoliko reda veličine manje od najpoznatijeg i najkorištenijeg alata BLAST, niti jedan alat ne konkurira alatu BLAST po senzitivnosti. Cilj ovog rada je implementirati novu egzaktnu metodu za lokalno poravnanje proteina temeljenu na djelomično uređenom poravnanju (partial order alignment ili kraće POA). U idealnom slučaju, implementirana metoda bi trebala po brzini izvođenja konkurirati alatu BLAST. Glavna ideja ove metode je grupiranje proteina iz proteinske baze kako bi se smanjio prostor pretraživanja, tj. poravnanje svakog proteina iz upita sa svakim u bazi. Grupe u ovom smislu su djelomično uređeni grafovi koji sadrže slične proteine. Pretraživanje baze se tada svodi na poravnanje proteina iz upita sa svakim grafom u bazi, tj. višestruko poravnanje sekvenci (multiple sequence alignment ili MSA). Kada se odrede grafovi s najboljim poravnanjima, iz samih grafova se izdvoje zasebna poravnanja. Rješenje mora biti napisano u C++ jeziku, programski kod komentiran te prilikom pisanja pratiti stil opisan u Googleovom C++ vodiču. Kompletnu aplikaciju postaviti na GIT pod jednom od OSi odobrenih licenci.