Mapiranje kratkih očitanja : završni rad - Pavlić, Stanislav (S. Pavlić, 2019)
Sažetak na hrvatskom: Kratka očitanja se većinom koriste u slučaju kada imamo već poznati, referentni genom neke vrste ili referencu, i želimo utvrditi razlike između reference i pojedine jedinke koju sekvenciramo. U ovom radu razvijena je metoda mapiranja kratkih očitanja na referencu koja je podijeljena na dvije faze. Prva faza sastoji se od indeksiranja kratkih podnizova na referenci i pronalaska kandidatnih pozicija pomoću zajedničkih podnizova na referenci i očitanjima te algoritma za traženje najdulje zajedničke podsekvence. U drugoj fazi koristi se KSW2 algoritam za određivanje optimalnog poravnanja dva niza. Provedeno je ispitivanje rješenja na stvarnim podatcima koje je pokazalo da bi se uz određena poboljšanja metoda mogla mjeriti s trenutno korištenim metodama. Implementacija je napisana u jeziku C/C++, a izvorni kod dostupan je na https://github.com/lbcb-edu/BSc-thesis-18-19/tree/spavlic.