|
|
|
|
| LEADER |
02423na a2200229 4500 |
| 003 |
HR-ZaFER |
| 008 |
160221s2018 ci ||||| m||| 00| 0 en d |
| 035 |
|
|
|a (HR-ZaFER)ferid5460
|
| 040 |
|
|
|a HR-ZaFER
|b hrv
|c HR-ZaFER
|e ppiak
|
| 100 |
1 |
|
|a Krpelnik, Ivan
|
| 245 |
1 |
0 |
|a Popunjavanje rupa sastavljenih genoma pomoću dugačkih očitanja :
|b diplomski rad /
|c Ivan Krpelnik ; [mentor Mile Šikić].
|
| 246 |
1 |
|
|a Scaffolding Assembled Genomes with Long Reads
|i Naslov na engleskom:
|
| 260 |
|
|
|a Zagreb,
|b I. Krpelnik,
|c 2018.
|
| 300 |
|
|
|a 37 str. ;
|c 30 cm +
|e CD-ROM
|
| 502 |
|
|
|b diplomski studij
|c Fakultet elektrotehnike i računarstva u Zagrebu
|g smjer: Računarska znanost, šifra smjera: 56, datum predaje: 2018-06-29, datum završetka: 2018-07-05
|
| 520 |
3 |
|
|a Sažetak na hrvatskom: U ovom radu implementiran je alat za produljivanje i povezivanje sastavljenih slijedova u programskom jeziku C++. Alat je nazvan Ezra i potencijalno bi se mogao koristiti za produljivanje i povezivanje u alatu za de novo sastavljanje Rala. Metode produljivanja i povezivanja bi se trebale izvršavati iterativno, ponavljajući proces sve dok ima valjanih produljenja i povezivanja.
Alat je testiran na umjetno generiranim slijedovima napravljenih nasumičnim rezanjem genoma e. coli i na rascjepanim slijedovima sastavljenim alatom Rala nad Pacbio bakterijskim podatkovnim skupovima. Rezultati testiranja pokazuju da je ova metoda valjana za povezivanje slijedova sastavljenih Ralom.
Izvorni kod dostupan je na \url{https://gitlab.com/Krpa/ezra}.
|
| 520 |
3 |
|
|a Sažetak na engleskom: In this thesis, a tool for contig extension and gap closing was implemented in C++. The tool is named Ezra and could be used for extension and bridging by de novo assembler Rala. The extension and bridging methods are meant to be run in iterations, repeating the process while it produces valid extensions and bridges.
The tool was tested on artificial fragments made by randomly cutting e. coli genome and on fragmented assembly produced by Rala on Pacbio bacterial datasets.
The results show that this method is valid for reducing the number of contigs produced by Rala.
The source code is available at \url{https://gitlab.com/Krpa/ezra}.
|
| 653 |
|
1 |
|a Povezivanje fragmenata
|a Sastavljanje genoma
|a Genom
|a Dugačka očitanja
|
| 653 |
|
1 |
|a Scaffolding
|a Assembly
|a Assemblies
|a Genome
|a Long reads
|
| 700 |
1 |
|
|a Šikić, Mile
|4 ths
|
| 942 |
|
|
|c Y
|
| 999 |
|
|
|c 47928
|d 47928
|