Određivanje preklapanja među očitanjima u postupku de novo sastavljanja genoma

Sažetak na hrvatskom: Određivanje preklapanja je prvi korak de novo sastavljanja genoma metodom preklapanje-razmještaj-konsenzus . Za određivanje preklapanja koristio sam kombinirani pristup. Pristup koristi prošireno sufiksno polje za pronalazak identičnih preklapanja i dinamičko programiranje za p...

Full description

Permalink: http://skupni.nsk.hr/Record/fer.KOHA-OAI-FER:50279/Details
Glavni autor: Široki, Tin (-)
Ostali autori: Domazet-Lošo, Mirjana (Thesis advisor)
Vrsta građe: Drugo
Impresum: Zagreb, T. Široki, 2016.
Predmet:
LEADER 02052na a2200229 4500
003 HR-ZaFER
008 160221s2016 ci ||||| m||| 00| 0 hr d
035 |a (HR-ZaFER)ferid4040 
040 |a HR-ZaFER  |b hrv  |c HR-ZaFER  |e ppiak 
100 1 |a Široki, Tin 
245 1 0 |a Određivanje preklapanja među očitanjima u postupku de novo sastavljanja genoma :  |b završni rad /  |c Tin Široki ; [mentor Mirjana Domazet-Lošo]. 
246 1 |a Finding overlapping reads for de novo genome assembly  |i Naslov na engleskom:  
260 |a Zagreb,  |b T. Široki,  |c 2016. 
300 |a 40 str. ;  |c 30 cm +  |e CD-ROM 
502 |b preddiplomski studij  |c Fakultet elektrotehnike i računarstva u Zagrebu  |g smjer: Računarska znanost, šifra smjera: 41, datum predaje: 2016-06-17, datum završetka: 2016-07-11 
520 3 |a Sažetak na hrvatskom: Određivanje preklapanja je prvi korak de novo sastavljanja genoma metodom preklapanje-razmještaj-konsenzus . Za određivanje preklapanja koristio sam kombinirani pristup. Pristup koristi prošireno sufiksno polje za pronalazak identičnih preklapanja i dinamičko programiranje za poravnanje dijelova očitanja između identičnih preklapanja. Ovakav način određivanja preklapanja omogućava kompromis između kvalitete određenih preklapanja i vremena izvođenja. 
520 3 |a Sažetak na engleskom: Finding overlaps is the first step of de novo genome assembly using Overlap-Layout-Consensus method. To determine overlaps I used a combined approach. The approach uses enhanced suffix array for finding identical overlaps and dynamic programming to align parts of reads between identical overlaps. This method allows a trade off between the quality of determined overlaps and runtime. 
653 1 |a određivanje preklapanja, metoda preklapanje-razmještaj-konsenzus  |a sastavljanje genoma  |a prošireno sufiksno polje  |a dinamičko programiranje 
653 1 |a finding overlaps, overlap-layout.consensus method  |a genome assembly  |a enhanced suffix array  |a dynamic programming 
700 1 |a Domazet-Lošo, Mirjana  |4 ths 
942 |c Z 
999 |c 50279  |d 50279