|
|
|
|
| LEADER |
02066na a2200205 4500 |
| 003 |
HR-ZaFER |
| 005 |
20160516012004.0 |
| 008 |
160221s2014 ci ||||| m||| 00| 0 d |
| 035 |
|
|
|a (HR-ZaFER)ferid1604
|
| 040 |
|
|
|a HR-ZaFER
|b hrv
|c HR-ZaFER
|e ppiak
|
| 100 |
1 |
|
|a Osrečki, Matija
|9 35216
|
| 245 |
|
|
|a Otkrivanje preklapajućih DNA očitanja :
|b diplomski rad /
|c Matija Osrečki ; [mentor Mile Šikić].
|
| 246 |
1 |
|
|a Detection of overlapping reads
|i Naslov na engleskom:
|
| 260 |
|
|
|a Zagreb,
|b M. Osrečki,
|c 2014.
|
| 502 |
|
|
|b diplomski studij
|c Fakultet elektrotehnike i računarstva u Zagrebu
|g smjer: Računarska znanost, šifra smjera: 56, datum predaje: 2014-02-07, datum završetka: 2014-02-17
|
| 520 |
|
|
|a U vrijeme brzog razvoja tehnologija sekvenciranja DNA, sve je ve´ca potreba za
sastavljanjem istih. Ovaj rad se bavi implementacijom modernih metoda za otkrivanje
preklapanja DNA oˇcitanja kao dio OLC (engl. overlap – layout – consensus) pristupa
problemu. Primjenom FM-indeksa baziranog na vali´cnim stablima i uporabom
sufiksnog filtra za traženje kandidata preklapanja, napravljena je uspješna C++ implementacija.
Iako originalno namjenjen za testiranje na PacBio oˇcitanjima, rezultati su
pokazali da je metoda prikladnija s manjom pogreškom.
Kljuˇcne rijeˇci: De novo sastavljanje genoma, FM-indeks, sufiks filtar.
|
| 520 |
|
|
|a In the time of fast development of DNA sequencing methods, there is a growing
need for assembling genomes. The goal of this thesis is to build an efficient implementation
of modern methods to detect read overlaps as part of OLC (overlap – layout –
consensus) framework for genome assembly. Using FM-index based on wavelet trees
and suffix filters to find overlap candidates, we have successfully made a C++ implementaion.
Although initally intended to be tested on and work with PacBio sequences,
tests have shown that this method might be better suited for reads with smaller error.
Keywords: De novo assembly, FM-index, suffix filte
|
| 700 |
1 |
|
|a Šikić, Mile
|4 ths
|9 29535
|
| 942 |
|
|
|2 udc
|c Y
|
| 999 |
|
|
|c 44926
|d 44926
|