|
|
|
|
| LEADER |
02677na a2200241 4500 |
| 003 |
HR-ZaFER |
| 005 |
20160604180514.0 |
| 008 |
160221s2015 ci ||||| m||| 00| 0 en d |
| 035 |
|
|
|a (HR-ZaFER)ferid2031
|
| 040 |
|
|
|a HR-ZaFER
|b hrv
|c HR-ZaFER
|e ppiak
|
| 100 |
1 |
|
|a Kodžoman, Vinko
|9 36911
|
| 245 |
1 |
0 |
|a Memory-Efficient Storage of Multiple Genomes of the Same Species :
|b završni rad /
|c Vinko Kodžoman ; [mentor Mirjana Domazet-Lošo].
|
| 246 |
1 |
|
|a Memorijski učinkovita pohrana genoma iste vrste /
|i Naslov na hrvatskom:
|
| 260 |
|
|
|a Zagreb,
|b V. Kodžoman,
|c 2015.
|
| 300 |
|
|
|a 43 str. ;
|c 30 cm +
|e CD-ROM
|
| 502 |
|
|
|b preddiplomski studij
|c Fakultet elektrotehnike i računarstva u Zagrebu
|g smjer: Programsko inženjerstvo i informacijski sustavi, šifra smjera: 39, datum predaje: 2015-06-12, datum završetka: 2015-07-13
|
| 520 |
3 |
|
|a Sažetak na hrvatskom: U ovom radu dajem svoje rješenje za memorijski i vremenski učinkovitu implementaciju prikaza kolekcije genoma kao i njihovog indeksiranja. Napravio sam indeks referentnog genoma baziran na BWBBLE, indeksu koji koristi Burrows-Whelerovou transformaciju. Kako bih povećao njegovu fleksibilnost, dodao sam promjenjive kodne tablice kao i ulazno/izlazni modul koji omogućuje stvaranje referentnog genoma iz populacije genoma. Indeks je napisan u programskom jeziku C++ i uspoređen sa BWA, programskim paketom za mapiranje sekvenci na referentne genome velike duljine. Indeks referentnog genoma nije konkurentan BWA-u u vremenu izvođenja, ali njegova veća fleksiblinost omogućuje korisniku stvaranje referentnog genoma i unos vlastitih kodnih tablica.
|
| 520 |
3 |
|
|a Sažetak na engleskom: In this thesis I address the problem of memory-efficient representation of a collection of genomes and their indexing. I have developed a reference genome index based on a Burrows-Wheeler transform aligner called BWBBLE. To increase its flexibility, I have added custom code tables and created an input/output engine that enables creation of a reference genome from a genome population. The index is written in the C++ programming language and compared to BWA – a software package for mapping sequences against a large reference genome. The reference genome index is not competitive to the BWA performance-wise but it allows more flexibility, allowing the user to create a reference genome and input their own code tables.
|
| 653 |
|
1 |
|a Referentni genom
|a Indeks
|a Burrows-Wheelerova transformacija
|a Sufiksno polje
|a Pretraživanje uzoraka
|
| 653 |
|
1 |
|a Reference genome
|a Index
|a Burrows-Wheeler Transform
|a Suffix array
|a Pattern searching
|
| 700 |
1 |
|
|a Domazet-Lošo, Mirjana
|4 ths
|9 31117
|
| 942 |
|
|
|c Z
|2 udc
|
| 999 |
|
|
|c 46188
|d 46188
|