Poboljšano sufiksno polje

Sažetak na hrvatskom: U bioinformatici često se javlja problem pretraživanja veoma dugačkih nizova (DNA sljedova) s različitim uzorcima pretrage. Kako bi se problem riješio u razumnom vremenu, potrebno je koristiti efikasne strukture indeksiranja teksta, kao što su sufiksno stablo i poboljšano sufik...

Full description

Permalink: http://skupni.nsk.hr/Record/fer.KOHA-OAI-FER:46289/Details
Glavni autor: Hadviger, Antea (-)
Ostali autori: Šikić, Mile (Thesis advisor)
Vrsta građe: Drugo
Impresum: Zagreb, A. Hadviger, 2015.
Predmet:
LEADER 02249na a2200241 4500
003 HR-ZaFER
005 20160604134553.0
008 160221s2015 ci ||||| m||| 00| 0 hr d
035 |a (HR-ZaFER)ferid1981 
040 |a HR-ZaFER  |b hrv  |c HR-ZaFER  |e ppiak 
100 1 |a Hadviger, Antea  |9 36881 
245 1 0 |a Poboljšano sufiksno polje :  |b završni rad /  |c Antea Hadviger ; [mentor Mile Šikić]. 
246 1 |a Enhanced suffix array  |i Naslov na engleskom:  
260 |a Zagreb,  |b A. Hadviger,  |c 2015. 
300 |a 36 str. ;  |c 30 cm +  |e CD-ROM 
502 |b preddiplomski studij  |c Fakultet elektrotehnike i računarstva u Zagrebu  |g smjer: Računarska znanost, šifra smjera: 41, datum predaje: 2015-06-12, datum završetka: 2015-07-13 
520 3 |a Sažetak na hrvatskom: U bioinformatici često se javlja problem pretraživanja veoma dugačkih nizova (DNA sljedova) s različitim uzorcima pretrage. Kako bi se problem riješio u razumnom vremenu, potrebno je koristiti efikasne strukture indeksiranja teksta, kao što su sufiksno stablo i poboljšano sufiksno polje. Poboljšano sufiksno polje sastoji se od običnog sufiksnog polja i dodatnih struktura (polje najduljih zajedničkih prefiksa, tablica djece). Uz manje memorijsko zauzeće, jednostavniju implementaciju i linearno vrijeme izgradnje, koristeći algoritme kao što je SA-IS, u praksi nadmašuje sufiksno stablo zadržavajući svu kompleksnu funkcionalnost. 
520 3 |a Sažetak na engleskom: Bioinformatics problems often require pattern matching large texts (DNA sequences) with different patterns. To find a solution to these problems in a reasonable time, it is required to use efficient text indexing structures, like suffix tree or enhanced suffix array. It is made of a regular suffix array and enhanced with several additional structures (longest common prefix array, child table). With less memory consumption, simpler implementation and linear construction complexity, using SA-IS algorithm, it shows better results in practice than suffix trees while keeping all the complex functionality. 
653 1 |a bioinformatika  |a poboljšano sufiksno polje  |a SA-IS 
653 1 |a bioinformatics  |a enhanced suffix array  |a SA-IS 
700 1 |a Šikić, Mile  |4 ths  |9 29535 
942 |c Z  |2 udc 
999 |c 46289  |d 46289