|
|
|
|
| LEADER |
02810na a2200241 4500 |
| 003 |
HR-ZaFER |
| 005 |
20160712172659.0 |
| 008 |
160221s2015 ci ||||| m||| 00| 0 en d |
| 035 |
|
|
|a (HR-ZaFER)ferid2567
|
| 040 |
|
|
|a HR-ZaFER
|b hrv
|c HR-ZaFER
|e ppiak
|
| 100 |
1 |
|
|a Pavlović, Dario
|9 37510
|
| 245 |
1 |
0 |
|a Identifikacija RNA izoformi iz grafa transkripata :
|b diplomski rad /
|c Dario Pavlović ; [mentor Mile Šikić].
|
| 246 |
1 |
|
|a Splice Isoform Identification from Transcript Graphs
|i Naslov na engleskom:
|
| 260 |
|
|
|a Zagreb,
|b D. Pavlović,
|c 2015.
|
| 300 |
|
|
|a 47 str. ;
|c 30 cm +
|e CD-ROM
|
| 502 |
|
|
|b diplomski studij
|c Fakultet elektrotehnike i računarstva u Zagrebu
|g smjer: Računarska znanost, šifra smjera: 56, datum predaje: 2015-06-30, datum završetka: 2015-07-03
|
| 520 |
3 |
|
|a Sažetak na hrvatskom: Mjerenje relativnih količina RNA transkripata u uzorku može biti vrlo važno za
različite primjene u biologiji i medicini. Sekvenciranje sljedeće generacije postaje
primarno korištena tehnologija za omogućavanje takvih analiza pružanjem osnovnih
podataka o uzorku. U ovome radu, prezentirao sam statistički model procjene količine
RNA koji koristi očitanja sekvenciranja sljedeće generacije s ciljem pronalaženja optimalnih vrijednosti relativnih količina. isomorph, programska implementacija ovog modela je opisana u radu. isomorph pokušava pronaći maksimum funkcije izglednosti po parametrima koji
predstavljaju relativne nivoe prisutnosti transkripata u uzorku. Testiranje je pokazalo
da za očitanja bez parova, isomorph ima zadovoljavajuću točnost, dok za očitanja u
parovima pokazuje potrebu za dodatnim poboljšanjima performansi. Dostupan je na
https://github.com/darxsys/isomorph.
|
| 520 |
3 |
|
|a Sažetak na engleskom: Providing a measure of abundances of different RNA transcripts in a sample can
be very important in many different biological or medical studies. Next-generation
sequencing is becoming a technology of choice for providing fundamental data for
such analyses. In this work, I have presented an RNA abundance estimation model
that uses next-generation RNA-Seq reads to estimate optimal relative transcript abun-
dance values. isomorph, a software implementation of this method is presented
and explained. isomorph tries to maximize a likelihood function with regards to
isoform abundance levels to provide an optimal estimate of relative transcript abun-
dances in a sample. Testing has shown that for single-end reads, isomorph performs
well, while paired-end data performance should be more improved. It is available at
https://github.com/darxsys/isomorph.
|
| 653 |
|
1 |
|a rna-sekvenciranje
|a procjena količine
|a em algoritam
|
| 653 |
|
1 |
|a rna-seq
|a abundance estimation
|a em algorithm
|
| 700 |
1 |
|
|a Šikić, Mile
|4 ths
|9 29535
|
| 942 |
|
|
|c Y
|2 udc
|
| 999 |
|
|
|c 46472
|d 46472
|