Poravnanje RNA očitanja na poznate gene
Sažetak na hrvatskom: RNA sekvenciranje je metoda za analizu transkriptoma. Analizom transkriptoma u nekom trenutku dobivamo uvid u stanje organizma i mogućnost identificiranja regija genoma koje su odgovorne za različite funkcije. U ovom radu je prikazano proširenje alata u svrhu poravnanja RNA oči...
| Permalink: | http://skupni.nsk.hr/Record/fer.KOHA-OAI-FER:49104/Details |
|---|---|
| Glavni autor: | Krpelnik, Ivan (-) |
| Ostali autori: | Šikić, Mile (Thesis advisor) |
| Vrsta građe: | Drugo |
| Impresum: |
Zagreb,
I. Krpelnik,
2016.
|
| Predmet: |
RNA
> poravnanje
> GraphMap
> Geni
> Genom
> Transkriptom
> Nanopore
> SAM
> GTF
> FASTA
> bioinformatika
|
| LEADER | 02367na a2200241 4500 | ||
|---|---|---|---|
| 003 | HR-ZaFER | ||
| 005 | 20190701131824.0 | ||
| 008 | 160221s2016 ci ||||| m||| 00| 0 hr d | ||
| 035 | |a (HR-ZaFER)ferid3886 | ||
| 040 | |a HR-ZaFER |b hrv |c HR-ZaFER |e ppiak | ||
| 100 | 1 | |a Krpelnik, Ivan |9 39731 | |
| 245 | 1 | 0 | |a Poravnanje RNA očitanja na poznate gene : |b završni rad / |c Ivan Krpelnik ; [mentor Mile Šikić]. |
| 246 | 1 | |a RNA-seq alignment using existing gene anotation |i Naslov na engleskom: | |
| 260 | |a Zagreb, |b I. Krpelnik, |c 2016. | ||
| 300 | |a 25 str. ; |c 30 cm + |e CD-ROM | ||
| 502 | |b preddiplomski studij |c Fakultet elektrotehnike i računarstva u Zagrebu |g smjer: Računarska znanost, šifra smjera: 41, datum predaje: 2016-06-17, datum završetka: 2016-07-11 | ||
| 520 | 3 | |a Sažetak na hrvatskom: RNA sekvenciranje je metoda za analizu transkriptoma. Analizom transkriptoma u nekom trenutku dobivamo uvid u stanje organizma i mogućnost identificiranja regija genoma koje su odgovorne za različite funkcije. U ovom radu je prikazano proširenje alata u svrhu poravnanja RNA očitanja na poznate gene. Osim toga, opisani su osnovni mehanizmi u sekvenciranju nanoporama, te neke druge tehnologije korištene za sekvenciranje i poravnanje. Dan je i pregled formata datoteka koje su korištene za spremanje anotacija eksonski regija, spremanje genoma i transkriptoma i spremanje podataka o poravnanjima. | |
| 520 | 3 | |a Sažetak na engleskom: RNA sequencing is a method used for transcriptome analysis. Transcriptome analysis provides us with insight into the state of cells. There is a possibility of identifying regions of a genome in order to determine which regions are responsible for which functions and which regions are active in a state of disease. This thesis describes an upgrade to alignment tool that should make alignment of RNA reads using existing gene annotation possible. Besides the mentioned upgrade, thesis describes different technologies used in sequencing, other alignment tools and file formats used to store information about genome and transcriptome. | |
| 653 | 1 | |a RNA |a poravnanje |a GraphMap |a Geni |a Genom |a Transkriptom |a Nanopore |a SAM |a GTF |a FASTA |a bioinformatika | |
| 653 | 1 | |a RNA |a alignment |a GraphMap |a Genes |a Genome |a Transcriptome |a Nanopore |a SAM |a GTF |a FASTA |a bioinformatics | |
| 700 | 1 | |a Šikić, Mile |4 ths |9 29535 | |
| 942 | |c Z |2 udc | ||
| 999 | |c 49104 |d 49104 | ||