Algoritam za računanje profila pogreške za tehnologije za sekvenciranje treće generacije

Sažetak na hrvatskom: Kada se očitanja sastavljaju u duži redoslijed nukleotida i napokon u konsenzus, cilj je reproducirati konsenzus koji je što sličniji referenci. Oxford Nanopore Technologies imaju problema kod sekvenciranja homopolimera. Stoga je razvijen alat koji računa pro- file pogreške hom...

Full description

Permalink: http://skupni.nsk.hr/Record/fer.KOHA-OAI-FER:49442/Details
Glavni autor: Megla, Lucija (-)
Ostali autori: Šikić, Mile (Thesis advisor)
Vrsta građe: Drugo
Impresum: Zagreb, L. Megla, 2017.
Predmet:
LEADER 02108na a2200229 4500
003 HR-ZaFER
008 160221s2017 ci ||||| m||| 00| 0 en d
035 |a (HR-ZaFER)ferid5026 
040 |a HR-ZaFER  |b hrv  |c HR-ZaFER  |e ppiak 
100 1 |a Megla, Lucija 
245 1 0 |a Algoritam za računanje profila pogreške za tehnologije za sekvenciranje treće generacije :  |b diplomski rad /  |c Lucija Megla ; [mentor Mile Šikić]. 
246 1 |a Computing the Error Profiles of Third Generation Sequencing Technologies  |i Naslov na engleskom:  
260 |a Zagreb,  |b L. Megla,  |c 2017. 
300 |a 19 str. ;  |c 30 cm +  |e CD-ROM 
502 |b diplomski studij  |c Fakultet elektrotehnike i računarstva u Zagrebu  |g smjer: Računarska znanost, šifra smjera: 56, datum predaje: 2017-06-29, datum završetka: 2017-07-10 
520 3 |a Sažetak na hrvatskom: Kada se očitanja sastavljaju u duži redoslijed nukleotida i napokon u konsenzus, cilj je reproducirati konsenzus koji je što sličniji referenci. Oxford Nanopore Technologies imaju problema kod sekvenciranja homopolimera. Stoga je razvijen alat koji računa pro- file pogreške homopolimera. Koristeći profile pogrešaka, istrenirani su algoritmi strojnog učenja kako bi predvidjeli stvarnu duljinu homopolimera. U skladu s tim, konsenzus je mi- jenjan kako bi bio što sličniji referenci. 
520 3 |a Sažetak na engleskom: When reads are assembled into a longer sequence and finally into a consensus, the goal is to reproduce a consensus that is as similar to the reference as possible. Oxford Nanopore Technologies have issues when sequencing homopolymers. That is why we developed a tool where we found error profiles of homopolymers. Using error profiles we trained ma- chine learning algorithms to predict the real length of homopolymers. Then we altered the consensus accordingly, in order to reach reference sequence. 
653 1 |a homopolimeri  |a profili pogrešaka  |a Oxford Nanopore Technologies  |a strojno učenje 
653 1 |a homopolymers  |a error profiles  |a Oxford Nanopore Technologies  |a machine learning 
700 1 |a Šikić, Mile  |4 ths 
942 |c Y 
999 |c 49442  |d 49442